Hola daragor, básicamente es como indicas. En el momento de generar la factura, por medio del webservice, tu enviás los datos de la factura que estas por emitir (previamente debes tener un punto de venta autorizado para webservice en tu cuenta de afip), dentro de estos datos , debes enviar un Ticket de Requerimiento de Acceso (TRA) que obtienes por medio del servicio WSAA, que es la autorización de la afip. Si todo esta correcto el webservice de la afip te va a devolver el CAE y la fecha de caducidad del mismo. Esto debe ir en la impresión de la factura, y es lo que la hace valida. Espero que esto aclare un poco el tema. Saludos