Te confirmo que en Win10, usando GTK2 y QT5, puedes cambiar el color de casi todo, incluido los botones. Y viene bien poder tocarlo desde las opciones. En el caso de GTK2 incluso vale para sobreescribir colores, aunque estemos usando un tema personalizado en la carpeta oculta ".themes" .
En Win, tienes los botones BGRABitmap y de otros (ATFlatControls, etc) que permite modificar colores y mucho más. Con BGRA incluso puedes crear temas y botones SVG.