Com certeza eu posso dizer que a rapi.dll funciona em aplicativos nativos também.
Os bindings para essa dll estão em freepascal/packages/winceunits/src/rapi.pp
Quanto a questão em sí, não sei, mas imagino que dependa muito do banco de dados, imagino que alguns requeiram apenas alguma configuracao para acessar dispositivos wince a partir do desktop.